تداوم و توسعه حاکمیت سیاسی مبتنی بر دین، که به برکت مجاهدت‌های علمی و عملی گسترده عالمان و مردم دین باور در ایران اسلامی استقرار یافته است، نیازمند بسط و تعمیق نظریه‌پردازی‌های علمی با رویکرد دینی است. نوآوری و تولید در دانش‌های انسانی به گونه‌ای که چگونگی حضور فعال و موثر دین در عرصه‌های «تربیت انسان» و «اداره جامعه» را تئوریزه و تبیین کند، از مهم‌ترین لوازم بقای انقلاب اسلامی است.
این مهم بدون کنش متقابل میان حوزه به عنوان نماینده نهاد آموزشی دینی (Religious scholarship) و میراث‌دار علوم سنتی و دانشگاه، به عنوان نماینده دانش مدرن امکان‌پذیر نخواهد بود؛ آرمانی که در سال‌های اول پس از انقلاب تحت عنوان «وحدت حوزه و دانشگاه» تلاش‌ها و جریان‌های علمی متعددی را بر انگیخت.
در این میان، وجود حوزه علمیه مشهد مقدس که به برکت حضور مضجع شریف امام علی بن موسی الرضا (ع) در این شهر از قدمت و استواری قابل توجهی برخوردار است، در کنار دانشگاه معتبر و پرسابقه فردوسی مشهد، فرصت کم نظیری برای یک سنتز فکری (Intellectual) موفق میان اسلام و مدرنیته فراهم کرده است. بر همین اساس طی نشست‌هایی در سال ۲۰۰۶ میان اساتید حوزه و دانشگاه، شیوه‌های عملیاتی شدن وحدت حوزه و دانشگاه در مشهد مقدس مورد بحث و بررسی قرار گرفت و پس از بررسی اهداف، برنامه‌ها و عملکرد مراکز مشابه، پژوهشکده مطالعات اسلامی در علوم انسانی تأسیس شد.
این پژوهشکده تلاش می‌کند تا سهم بسزایی در سوق دادن توجهات علمی و پژوهشی به سوی بنیان‌های معرفتی و فلسفی علوم انسانی، گفتمان‌سازی علوم انسانی اسلامی و ارائه الگوهای زیست اجتماعی همسو با ارزش‌های دینی ایفا نماید.
این پژوهشکده هم اکنون دارای چهار گروه پژوهشی (اقتصاد اسلامی، مدیریت اسلامی، تعلیم و تربیت اسلامی، و فقه و حقوق اسلامی) بوده و دارای یک کتابخانه تخصصی مشتمل بر بیش از 3500 عنوان کتاب می‌باشد.
